En la actualidad los fondos que componen la colección de fósiles del Departamento están distribuidos dentro de los locales del Area de Paleontología, en la sala nº 17, los laboratorios nº 19 y 21, y los armarios localizados en los pasillos del propio Area. Los fondos ubicados en la sala nº 17 forman el cuerpo del Aula Museo del Departamento, en tanto que los de los laboratorios nº 19 (Paleontología General) y 21 (Paleontología Especial) se destinan a labores de docencia, y los ubicados en los armarios corresponden a las investigaciones que los miembros del Departamento han realizado o poseen en curso.

Solo una pequeña parte de los fondos que componen la colección de fósiles del Departamento están en exposición permanentemente en el Aula Museo, esta sala ocupa un espacio reducido (aprox. 92.5m2) en la sala nº 17 del Area de Paleontología. En la actualidad la colección del Aula Museo está compuesta por algo más de 2200 ejemplares, perfectamente caracterizados y catalogados, repartidos en un total de 29 vitrinas.

La distribución de las 29 vitrinas corresponde al carácter de la colección. Las localizadas en los márgenes, junto a las paredes (16 vitrinas), contienen colecciones de carácter docente, y las situadas en la parte central (13 vitrinas) colecciones de investigación.

Las 16 vitrinas localizadas en las paredes de la sala agrupan aproximadamente 1280 ejemplares ordenados taxonómicamente. Son mayoritariamente de invertebrados (8 vitrinas): Cnidarios (corales), Artrópodos (trilobites), Moluscos (bivalvos y gasterópodos), Braquiópodos, Equinodermos (crinoideos y equinoideos) y Graptolitos. También se exponen (4 vitrinas) algunos ejemplares pertenecientes a vertebrados y plantas. Las cuatro vitrinas restantes contienen otros tipos de fósiles, como las estructuras biogénicas (bioturbaciones, perforaciones, coprolitos, etc.), así como ejemplos de facies caracterizadas por el contenido fósil. Aunque gran parte corresponde a ejemplares de la Cordillera Bética, otros proceden bien de otras áreas de la Península Ibérica (Cordilleras Ibérica, Cantábrica, etc.), o de otras partes (Francia, Alemania, Marruecos, etc.). Esta parte del Aula Museo tiene un marcado carácter docente (y en parte recreativo), de manera que junto a las formas fósiles, se incluyen algunas actuales complementarias de interés para la función didáctica de la misma. Asimismo, a través de los ejemplares se ha intentado representar la distribución estratigráfica del grupo.

La parte central del museo la forman 13 vitrinas que contienen casi exclusivamente Ammonoideos. Esta parte del Aula Museo, tiene un marcado carácter de investigación, y en ella se recogen más de 900 ejemplares procedentes de la Cordillera Bética. Estos ejemplares pertenecen a las colecciones correspondientes a las investigaciones de los miembros del Departamento y en su mayor parte son formas figuradas o citadas en las publicaciones del mismo en los últimos veinte años, especialmente en las Tesis Doctorales. Los ejemplares se encuentran clasificados sistemáticamente al nivel de género y especie, con una ordenación bioestratigráfica zonal/subzonal desde el Jurásico inferior al Cretácico inferior. Asimismo, todos los ejemplares están perfectamente catalogados, de manera que su identificación es inmediata. Habría que destacar en estas colecciones los ejemplares que han sido utilizados como holotipos para la caracterización específica, especialmente cuando se trata de especies de gran interés bioestratigráfico.

Aunque la colección no es rica en ejemplares de particular belleza, cabría destacar, por su espectacularidad, las huellas de reptil (icnogénero Brachychiroterium) encontradas en Cambil (prov. Jaén), cuyos originales se encuentran cedidos temporalmente al Parque de las Ciencias de Granada, y el ejemplar de ammonites heteromorfo Emericiceras thiollierei con una talla superior a los 75 cm, procedente de la Sierra del Cid (Petrer, Alicante).

Como queda claro en la introducción, desde sus inicios el Aula Museo se planteó con una doble vertiente, docente e investigadora. En este sentido, pretende atraer tanto al público no especializado, procedente de escuelas, institutos y en general centros educativos, como a un publico especializado, científico, que puede servirse de él para su propia investigación.

Actualmente el Aula Museo se encuentra en período de reforma y expansión con la finalidad de abarcar un abanico más amplio de grupos fósiles, en un contexto acorde con las tendencias actuales en Paleontología y con las nuevas líneas de investigación.