Son varias salas equipadas con instrumental específico para corte, extracción, lavado y procesado de muestras (tamices, microsplitter, centrifugadora, productos químicos para extracción de pólenes y otros palinomorfos, separador magnético, campana extractora, etc.), así como para la realización de láminas delgadas, moldes de fósiles e inclusiones en resinas.